菏泽市牡丹区妇幼保健院始建于1951年，是我区妇幼保健、医学科研、教学的指导中心，是孕产妇、妇女、儿童疾病诊断及治疗的专科医院。
1985年更命名为菏泽市妇幼保健院，有妇幼人员50人，其中主治医师2人，医师8人，医士、护士32人，社会保健人员8人。1995年通过“爱婴医院”验收，开展新生儿疾病筛查。
1998年成立了“菏泽市儿童医院”暨菏泽市新生儿救治中心。2004年3月在菏泽市开发区岳程办事处设分院一处，与首都儿科研究所结为医疗科研协作医院。
2005年有职工141人，其中高级职称12人，中级职称64人，卫生技术人员占92%，开放病床110张，全院设有妇科、儿科、子宫病科、妇幼保健科、儿科门诊、妇科门诊、妇保门诊、生殖健康科、手术室、特检科、检验科等17个科室。占地面积4530平方米，业务用房面积3100平方米。
现拥有心电图机、彩超、X光机、胎心监护仪、母婴监护系统、二氧化碳激光治疗仪、冷强光乳腺透照仪、自凝刀等仪器，可开展剖宫产术、婚前健康检查、新生儿疾病筛查、自凝刀射频消融术等。